TRANSFAC-cn
转录调控领域的金标准。
TRANSFAC数据库
TRANSFAC数据库是一个全面的真核生物转录调控的数据库，数据能够追溯到1988年第一例转录因子及其结合位点的信息。它整合了其他数据库的信息，如：TRANSCompel数据库（组成元件数据库）和TRANSpro数据库（全面收集人类和其他8种基因组的启动子数据库）。
TRANSFAC能够添加到geneXplain平台，提供全面的转录因子与DNA结合信息，为geneXplain平台提供先进的序列分析。
真核生物转录因子百科全书
TRANSFAC数据库是全面的真核转录因子百科全书，通过总结大量科学文献内容，归纳并记录了每个转录因子的结构属性和功能属性。
特别是结合位置权重矩阵库是其独有的DNA结合模型集合，适用于对基因组序列的潜在的转录因子结合位点（TFBS）进行全面分析。
将TRANSFAC®用来识别潜在的转录因子结合位点时，亦可同时依靠分析工具MatchTM或geneXplain平台中的相应模块来完成。
结构
TRANSFAC数据库的核心包含两个域的内容：一个记录转录因子结合位点，通常在启动子或增强子中。另一个描述结合蛋白（TFs）。
TRANSFAC数据库的核心包含两个域的内容：一个记录转录因子结合位点，通常在启动子或增强子中。另一个描述结合蛋白（TFs）。
结合位点是一个转录因子结合位置权重矩阵（positional weight Matrices, PWM），PWM反映每个核苷酸在已知和已比对的TFBS上被发现的频率，即每个位置的碱偏好性。
TRANSFAC数据库根据转录因子的DNA结合域属性，将转录因子分类。
目前数据库已扩展到较全面的转录因子分类，可以在此处找到其最新版本。
主要特征
相互联系的报告连结转录因子，转录因子实验表征的结合位点和受调控的基因，以及启动子报告(含有映射注释的转录因子结合位点和高通量数据ChIP-seq等) 。
70,000多个转录因子结合位点报告，其中包括300多个物种的原始文献详细信息，主要关注的物种是人类、小鼠、大鼠、酵母和植物。
23,000多个转录因子(1,200 miRNA) 报告，提供GO功能、相关的疾病和表达模式信息。
提供67,000多个手动注释的转录因子 — 位点相互作用； 以及57,000多个miRNA-靶标位点相互作用的信息。
2,000多个包含27M转录因子结合片段/间隔的高通量TFBS ChIP实验报告，其中许多被注释为具有最佳得分结合位点和邻近基因，以及161 DNase超敏性ChIP-Seq实验，包含15M片段和 1M组蛋白修饰片段。
7,000多个结合位置权重矩阵被用在MatchTM，FMatch，CMsearch和部分geneXplain模块中来预测转录因子结合位点。
超过360,000个的启动子报告，涵盖了人类和9个其他物种，其中包括转录起始位点，CpG岛，单核苷酸多态性（SNP）和其他注释。
包括用于转录因子结合位点预测，从头基序识别，基质比较和miRNA调控子识别的工具。
此外，还包括一种通路可视化工具，用于构建定制已被实验证明的因子-DNA和因子–因子相互作用的调控网络，以及一个功能分析工具用于鉴别在分析的基因集中的共享属性。
可以在此处获得更详细的统计信息。
优越性
快速访问详细的转录因子报告，及其实验表征的结合位点和调控基因以及ChIP实验的详细报告，无需进行繁琐且耗时的文献检索。
使用您自己的或TRANSFAC的位置权重矩阵预测DNA序列中的转录因子结合位点。
建立定制的转录调控网络。
将TRANSFAC®的位置权重矩阵用作geneXplain平台模块的组成部分。
视频
TRANSFAC®简介视频— 该视频简要介绍了TRANSFAC®在线数据库。它显示了如何在TRANSFAC®数据库基本界面中进行操作以及如何执行搜索。
Match™视频简介––该视频演示了如何使用Match™工具在TRANSFAC®数据库中搜索推定的转录因子结合位点。
TRANSFAC®界面中Match™工具的视频– 该视频演示了如何从TRANSFAC®界面中启动用于预测转录因子结合位点的Match™工具。
可以从以下位置启动Match™工具：
–基因列表
–副本列表
– FASTA格式的DNA序列
– BED格式的基因组间隔
TRANSFAC®界面中的FMatch工具的视频––该视频演示了如何在TRANSFAC®界面启动FMatch分析。
Fmatch是一种可从一组启动子背景启动子中搜索富集的结合位点的工具。
它可以从以下位置开始进行启动：
–基因列表
–副本列表
– FASTA格式的DNA序列
– BED格式的基因组间隔
相关资料下载
TRANSFAC® 数据统计(下载)
TRANSFAC® 更新版本(下载)
TRANSFAC® 产品宣传册 (下载)
TRANSFAC® 文献资料 (下载)
TRANSFAC® 视频 (在中文频道BiliBili)
More about TRANSFAC as a scientific project and its history on the pages of Edgar Wingender.
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近期出版物
Wingender, E., Schoeps, T., Haubrock, M., Krull, M. and Dönitz, J. (2018) TFClass: expanding the classification of human transcription factors to their mammalian orthologs. Nucleic Acids Res. 46, D343-D347. PubMed.
